Uvijek nastojimo odabrati oblik liječenja koji je najprimjereniji za par, te najsigurniji i najprihvatljiviji. Uzroke neplodnosti uvijek želimo otkriti i otkloniti ih, tako da možemo očekivati začeće prirodnim putem najkasnije u roku od godine dana. Ako u tom razdoblju ne dođe do začeća ili ako ne uspijemo otkloniti uzrok neplodnosti odnosno ona ostane nerazjašnjena, te liječenje nastavljamo postupcima medicinski potpomognute oplodnje.
Liječenje ženske neplodnosti se zasniva na hormonskom liječenju i hirurškim zahvatima. Hormonskim lijekovima liječimo neplodnost koja je posljedica poremećaja ili odsutnosti ovulacije (PCOS, hiperprolaktinemija itd.). Takvo liječenje je često kombinirano s vremenski isplaniranim spolnim odnosima ili intrauterinim inseminacijama (IUI).
Operativnim zahvatima otklanjamo priraslice u maloj zdjelici i oštećenja na jajovodima, odstranjujemo endometrioze, miome i polipe na sluznici te popravljamo razvojne nepravilnosti maternice (pregrada u šupljini maternice).
Kod liječenja muške neplodnosti nastojimo pronaći njen uzrok i otkloniti ga. Tako liječimo trenutne upale, hormonske nepravilnosti i varikokele. Uzrok muške neplodnosti u većini slučajeva nije poznat ili ga se ne može otkloniti. Ako je loša kvaliteta sjemena, npr., posljedica prošle virusne infekcije testisa, ili se radi o nekoj genetskoj malformaciji, poremećaj nastajanja i sazrijevanja spermija trajan je i zato ga nije moguće otkloniti liječenjem. Najviše za plodnost sjemena mogu učiniti muškarci sami, i to zdravim načinom života i izbjegavanjem određenih profesionalnih ili rekreativnih aktivnosti koje mogu inhibirati nastajanje spermatozoida. Iako se uglavnom nema veći utjecaj na kvalitetu sjemene tekućine, muška neplodnost se može uspješno liječiti tako da spermatozoidima pomognemo oploditi jajne stanice njihovih partnerica u postupcima medicinski potpomognute oplodnje.